Nadleśnictwo charakteryzuje się szczególnie niekorzystnym przebiegiem granic (ilość kompleksów, enklaw, półenklawy) z wyjątkiem leśnictw Braniewo, Kurowo, Myśliwiec i części Dąbrowy. W związku z dużymi zmianami powierzchniowymi i przyjmowania gruntów w oparciu o mapy ewidencyjne, a także ze względu na charakter siedlisk leśnych (zarastanie granic zewnętrznych) wiele granic jest nieczytelnych co wymaga ze strony nadleśnictwa znacznych nakładów finansowych na wznowienie i rozgraniczenie gruntów.

Położenie pod względem przyrodniczo-leśnym

Według obowiązującej regionalizacji przyrodniczo-leśnej (Regionalizacja przyrodniczo-leśna na podstawach ekologiczno-fizjograficznych. T. Trampler i in. PWRiL. Warszawa 1990) Nadleśnictwo Zaporowo położone jest w następujących jednostkach podziału przyrodniczo-leśnego:

-        I. Kraina Bałtycka

-        7. Dzielnica Elbląsko-Warmińska

-        7.a. Mezoregion Wzniesień Elbląskich (część leśnictwa Blizin)

-        7.b. Mezoregion Warmiński (pozostała część Nadleśnictwa)

Położenie pod względem geobotanicznym

Według podziału Polski na krainy geobotaniczne J.M. Matuszkiewicza (Zespoły leśne Polski.  Wydawnictwo Naukowe PWN. Warszawa. 2008) obszar nadleśnictwa położony jest w Dziale Pomorskim (A), Krainie Wschodniopomorskiej (A.6.), Podkrainie Warmińskiej (A.6.b.), Okręgu Elbląskim (A.6.b.6.) i Okręgu Wzniesień Górowskich (A.6.b.7.).

Granice wymienionych okręgów w przybliżeniu przebiegają jak granice mezoregionów fizyczno-geograficznych.