I. Obszary Specjalnej Ochrony Ptaków

1. Dolina Pasłęki

2. Ostoja Warmińska

II. Obszary o Znaczeniu dla Wspólnoty

1. Rzeka Pasłęka

2. Zalew Wiślany i Mierzeja Wiślana

3. Bieńkowo

I.1. Dolina Pasłęki (kod obszaru PLB 280002) o powierzchni ogólnej 20669,89 ha ( w stanie posiadania Nadleśnictwa Zaporowo - 1569,86 ha)

Na całym obszarze występuje co najmniej 23 gatunków ptaków z Załącznika I Dyrektywy Ptasiej, 9 gatunków z Polskiej Czerwonej Księgi (PCK).

W okresie lęgowym obszar zasiedla co najmniej 1% populacji krajowej następujących gatunków ptaków: nurogęś, błotniak łąkowy, kania czarna, kania ruda (PCK), bielik (PCK), orlik krzykliwy (PCK), trzmielojad, samotnik, zimorodek, siniak.

W stosunkowo wysokim zagęszczeniu występują: bąk (PCK), bocian biały, bocian czarny, błotniak stawowy, derkacz i rybitwa czarna.

I.2. Ostoja Warmińska (kod obszaru PLB 280015) o powierzchni ogólnej 142016,20 ha (w tym w stanie posiadania Nadleśnictwa Zaporowo – 5480,85 ha)

"Ostoja Warmińska" została zaproponowana jako obszar Natura 2000 przede wszystkim dla ochrony jednego gatunku - bociana białego, który osiąga tu największą liczebność i największe zagęszczenie w kraju.

Jest to jednak również bardzo ważna ostoja dla wielu innych gatunków ptaków, występują tu bowiem aż 93 gatunki ptaków waloryzujące obszary Natura 2000 (w tym 81 gatunków lęgowych i prawdopodobnie lęgowych). Jest wśród nich 38 gatunków z załącznika I Dyrektywy Ptasiej i 15 gatunków z Polskiej czerwonej księgi zwierząt.

Za najcenniejsze walory awifaunistyczne "Ostoi Warmińskiej" należy uznać:

- najliczniejszą w Polsce lokalną populację bociana białego występującego w liczbie ok. 1000 par, w najwyższym w kraju zagęszczeniu 71 par na 100 km2,

- liczną populację lęgową dwu innych rzadkich w kraju gatunków - orlika krzykliwego i żurawia,

- potwierdzone gniazdowanie dwu skrajnie nielicznych w kraju gatunków: gadożera i łabędzia krzykliwego,

- gniazdowanie innych nielicznych w kraju gatunków: bąka, bociana czarnego, gągoła, bielika, błotniaka łąkowego, puchacza, zielonki, dzięcioła białogrzbietego i wąsatki,

- możliwe gniazdowanie skrajnie nielicznego w kraju orlika grubodziobego,

- możliwe gniazdowanie kolejnych bardzo rzadkich gatunków: podgorzałki, gęgawy, kani rudej, kani czarnej, rybołowa, kropiatki, puszczyka uralskiego, włochatki, kulika wielkiego, rybitwy białoskrzydłej, dzięcioła trójpalczastego i dzięcioła białoszyjego,

- gniazdowanie lokalnie rzadkich gatunków jak: zausznik, rycyk i dudek,

- dość liczną populację lęgową takich gatunków waloryzujących jak derkacz, przepiórka i gąsiorek.

II.1. Rzeka Pasłęka (kod obszaru PLH 280006) o powierzchni ogólnej 8418,46 ha ( w tym w stanie posiadania Nadleśnictwa Zaporowo 548,32 ha)

Jest to ważna ostoja bobra Castor fiber w północno-wschodniej Polsce. Wody Pasłęki i jej dopływów są siedliskiem ryb reofilnych i potencjalnie największym tarliskiem ryb wędrownych. Bytuje tu 8 gatunków ryb z Załącznika II Dyrektywy Rady 92/43/EWG, m.in. silne populacje bolenia Aspius aspius i głowacza białopłetwego Cottus gobio. Łącznie, w ostoi stwierdzono 12 gatunków kręgowców z Załącznika II Dyrektywy.

Z doliną rzeki związanych jest ponadto 9 rodzajów siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Rady 92/43/EWG. Ponadto, położenie, układ przestrzenny i zasięg ostoi daje jej realną szansę pełnienia roli kluczowego korytarza ekologicznego zapewniającego ciągłość bytowania gatunków od centrum regionu w kierunku wybrzeża Bałtyku.

II.2. Zalew Wiślany i Mierzeja Wiślana (kod obszaru PLH 280007) o powierzchni ogólnej 40862.31 ha  (w tym w stanie posiadania Nadleśnictwa Zaporowo 332,53 ha)

Na całym obszarze stwierdzono występowanie 18 rodzajów siedlisk i 13 gatunków z załączników I i II Dyrektywy Rady 92/43/EWG.

Na Mierzei dobrze wykształcona jest strefa wydm białych i szarych oraz wyraźnie wyodrębniona strefa acydofilnych dąbrów wykształconych na piaskach wydmowych. W Zalewie Wiślanym zachowały się łąki podwodne, w tym z udziałem ramienic. Na fragmencie Żuław obejmującym ujściowe odcinki rzek uchodzących do Zalewu występują bardzo rzadkie na Pomorzu zespoły Nymphoidetum peltatae i Salvinietum natantis.

Na terenie ostoi stwierdzono występowanie wielu roślin naczyniowych zagrożonych w Polsce oraz charakterystycznych dla rzadkich i zanikających siedlisk (wodnych, wydmowych, solniskowych, torfowiskowych, bagiennych). Są tu stanowiska roślin atlantyckich na wschodnich granicach zasięgu w Polsce (w tym halofitów nadmorskich) i prawdopodobnie największe stanowisko mikołajka nadmorskiego na polskim wybrzeżu. Częsta jest lnica wonna Linaria odora (załącznik II Dyrektywy Rady 92/43/EWG). Zlokalizowano tu jedno z niewielu w Polsce miejsc występowania grzybieńczyka wodnego Nymphoides peltata i bogatej populacji salwinii pływającej Salvinia natans. W Zalewie Wiślanym stwierdzono kilka gatunków ramienic.

Rejon Zalewu Wiślanego jest ważny dla ochrony minoga rzecznego Lampetra fluviatilis i parposza Alosa fallax. Regularnie pojawia się tu również foka szara Halichoerus grypus. Obszar jest też ważną ostoją ptasią.

II.3. Bieńkowo (kod obszaru PLH 280009) o powierzchni ogólnej 123,54 ha (całość w stanie posiadania Nadleśnictwa Zaporowo)

Stosunkowo dobrze zachowane ekosystemy o wysokim poziomie różnorodności biologicznej. Stwierdzono tu 5 typów siedlisk z Załącznika I Dyrektywy Rady 92/43/EWG, zajmujących łącznie ok. 90% powierzchni obszaru.

Występują tu też gatunki roślin uznane za zagrożone na terenie Polski (Rubus chamaemorus, Carem cordorrhiza, Dryopteris cristata, Carex limosa).

Na terenie obszaru notowano też gatunki ptaków z Załącznika I Dyrektywy Rady 79/409/EWG: Ciconia ciconia, Grus grus, Circus cyaneus.